Adicionando qualquer aplicação no Systray com o AllTray
Com AllTray tu podes adicionar qualquer aplicação ao systray , isso mesmo !!! - Tu podes adicionar qualquer aplicação que não seja nativa (como Evolution, ThunderBird, Terminal) na "bandeja". Um clique com o botão direito abre opções como "fechar" , "undock" entre outras.

Tu podes baixar o pacote deb para ubuntu aqui

Agora tu pode começar , para exemplo, com o firefox assim :
$ alltray mozilla-firefox

Ou entrar em Aplicações - Acessórios - AllTray, e clicar com a "mira" na aplicação que tu quer colocar no systray.

Abraço !!

fonte : http://ralph.n3rds.net/index.php?/archives/108-Dock-any-applicatin-with-AllTray.html